2004年通過了省級示范性高中驗收并正式掛牌，2008年通過了省級示范性營利高中督導(dǎo)復(fù)評。2012年9月，敦煌中學(xué)搬遷至新校區(qū)，新校區(qū)占地面積263畝，教學(xué)班64個，專職教師234人。其中碩士28人，特級教師1人，高級教師41名，現(xiàn)有省優(yōu)秀專家1人，省部級優(yōu)秀教師2人，省級學(xué)科及骨干教師8人、青年教學(xué)教師7人;地級拔尖人才4人，地級市區(qū)學(xué)科骨干教師8人。學(xué)校先后榮獲“中國教育名校”、“甘肅省教育系統(tǒng)先進集體”、“甘肅省高考(市、縣)狀元學(xué)校”、“甘肅省化學(xué)競賽名星學(xué)校”、“酒泉市教育教育教學(xué)先進單位”等100多個稱號和榮譽。2020年11月20日，被中央文明委評為第二屆全國文明校園。

近十年，乘著西部大開發(fā)和科教興國戰(zhàn)略的東風(fēng)，學(xué)校提出“用質(zhì)量和特色鑄造河西教育品牌”的辦學(xué)目標，學(xué)校教學(xué)質(zhì)量不斷提高。02、08年，兩次奪取酒泉市高考文、理科狀元;03—06年，連續(xù)四年奪得酒泉市文科第一名;09年重點上線人數(shù)首次闖過100人大關(guān)，本科上線人數(shù)突破300人大關(guān)，其中理科全省百名榜有3人，1人被清華大學(xué)錄取;2010年，有三名同學(xué)進入全省百名榜，1人被北京大學(xué)錄取;2011年，重點上線率12%，二本上線率達36%，其中張怡鷗同學(xué)被保送進入同濟大學(xué)，是敦煌高考歷史上被保送進入名校的第一人;2012年，重點上線率再次達到12%，本科上線率達到38%，文科有兩名同學(xué)進入全省百名榜，理科有兩名同學(xué)分別被北京清華大學(xué)和北京大學(xué)錄取。

為推進新課改，學(xué)校提出“教研興教、科研興校”的教改思路。近年來，學(xué)校確立科研項目及課題28項，其中國家級7項，省級16項，市級5項;編印校本教材24本;教師中有四人出版了教研教學(xué)著作;有17人次在地級以上優(yōu)質(zhì)課評選中獲獎。有300多名學(xué)生在學(xué)科競賽(奧賽)中獲獎。其中，有8名同學(xué)獲甘肅賽區(qū)決賽一等獎;有20余名同學(xué)獲二等獎。

為優(yōu)化教育布局結(jié)構(gòu)、解決城市教育承載難題，實現(xiàn)我市教育科學(xué)跨越，譜寫教育新篇章，敦煌市委、市政府從2011年開始籌建敦煌中學(xué)新校區(qū)。新校區(qū)教學(xué)區(qū)和生活區(qū)占地面積163畝，體育場占地面積100畝。總投資1.5億元，可滿足4000多名學(xué)生就讀需要，已完成了一期工程及附屬配套工程。2012年8月12日，原敦煌中學(xué)(也稱敦煌一中)、敦煌三中的高中部合并。8月16日新校區(qū)舉行首次升旗儀式。新學(xué)期伊始，高一，高二的2580名學(xué)生全部進入新校區(qū)就讀。敦煌中學(xué)新校區(qū)的落成，標志著敦煌中學(xué)已經(jīng)進入跨越發(fā)展的階段，為建成全省環(huán)境一流、管理一流、質(zhì)量一流的示范性高中奠定了堅實的基礎(chǔ)。