巢湖市第二中學創辦于1947年，前身是解放前的私立皖光中學和黃山初中，1952年兩校合并為公辦巢縣初中，1960年增設高中部，更名為巢縣第二中學，1984年又更名為巢湖市第二中學，2005年，學校被安徽省教育廳命名為“安徽省示范高中”。

2001年8月，接收市勞動局技校改建為初中分校，班級由30個增至45個，學生由2000余名增至3000余名;2003年8月，校本部遷至市一中原校址辦學;2004年，高中擴招，高一錄取新生600名，全校班級增至71個，學生近5000人。2005年計劃招收高一新生720名，學生數將突破5000人。

遷入新校址后，校園占地面積110畝(含本部、西校區，宿舍區)。現代化的實驗室電子閱覽室、音樂教室、美術教室、舞蹈教室等應有盡有;圖書館藏書豐富(14萬冊)，所有教室都裝配了先進的多媒體投影儀。衛星網、因特網和校園網三網合一。

學校現有教職工235人，專業教師201人，其中一級教師98人，高級教師76人，享受國務院和省政府特殊津貼教師2名，全國優秀教師，省優秀(模范)教師共6名，省、市級“教壇新星”10名，市拔尖人才3名。

學校堅持“人文科學與自然科學并舉，實踐能力與創新精神并重”的辦學宗旨，2002-2004年的高考本科達線率均居市示范中學第1名，其中2004屆文科正取生達線率為100%，在2004年和2005年全市高中教學質量綜合評比中，市級示范中學9個設獎學科中，二中有6個學科獲教學成績優勝獎，共有17名教師獲得教學成果獎、教研成果獎和科研成果獎。